O filme Alexandria, que no original tem o título de Ágora - muito conveniente já que era na ágora (praça) que ocorriam as decisões para a comunidade - busca retratar um período pouco iluminado da história ocidental. A partir do século IV, os romanos têm sobre as asas do Império diversos povos como os egípcios, persas, assírios, fenícios e hebreus e também culturas diferentes, pagãos, judeus, árabes e o recém criado movimento cristão. Os apóstolos fizeram a divulgação dos ideais de Jesus já crucificado por crimes contra o Império Romano e Paulo, homem letrado e influente, se juntou ao grupo crescente propagando uma mistura das diretrizes judaicas e os ensinamentos de Cristo. Em meio às crises, a filósofa Hipátia (Rachel Weisz) tenta manter seus alunos no caminho científico ao mesmo tempo em que é disputada por seu discípulo Oreste (Oscar Isaac) e seu escravo Davus (Max Minghella), mas mantém o celibato por acreditar-se livre como qualquer homem, sem poder prever que faria parte de um período decisivo na história da humanidade.
Hipátia tornou-se mestra em Alexandria após voltar de Atenas, onde completou sua educação em matemática, astronomia e filosofia com louvor e ao retornar assumiu a cadeira que fora de Plotino, tornou-se diretora da Academia de Alexandria aos 30 anos colocando em prática também os ensinamentos adquiridos por incentivo de seu pai Teón (Michael Lonsdale) que também era filosofo, astrônomo, matemático e também assumiu o posto de professor e diretor da Academia de Alexandria. Além de seus feitos acadêmicos Hipática era conhecida por sua beleza e sua recusa em casara-se, pois dizia estar casada com a filosofia.
Amenábar retrata na película o período de vida de Hipátia no qual ela leciona a mais ilustre das ciências: a filosofia. Durante suas aulas a astrônoma questionava os fenômenos naturais, físicos e químicos do mundo que a cercava, mas no final do século IV d.C. o Império Romano sofria com o confronto entres judeus e os cristãos que muito recentemente entraram na legalidade romana e Hipátia, apesar de ter entre seus alunos pagãos, judeus e cristãos, mantinha sua crença no conhecimento científico cujas dúvidas representavam-lhe, não o fim ou o mal, mas sim o impulso e o ideal de vida.
Entre os muitos discípulos famosos de Hipátia, são retratados no filme Oreste, que virá a torna-se prefeito de Alexandria e posteriormente cristão, para agradar as autoridades religiosas dominantes e que oferece casamento à professora diversas vezes, e Sinésio de Cirene (Rupert Evans), um entre tantos alunos que trocavam cartas com Hipátia sobre suas dúvidas morais e científicas, e por essas cartas foi possível conhecer os feitos da filósofa nas áreas da matemática, física e astronomia, apesar de não haver relatos históricos que demonstrem seu interesse no héliocentrismo tão abordado no filme de Amenábar.
Mas o personagem que dinamiza a película é o fictício Davus, que é o escravo de Hipátia, uma atitude irônica da filosofa frente aos seus pensamentos científicos, mostrada pelo diretor espanhol nas cenas iniciais entre estes dois personagens.
A fluidez ocorre em combinação com as decisões de Davus. No início, em todas as atividades de Hipátia, Davus está a sua disposição para servi-la e agradá-la e enquanto o faz, nutre por ela um amor platônico. Com o crescimento do cristianismo e a sua elevação de seita perseguida à religião oficial, Davus é mostrado como mais um fiel a procura de respostas para as suas dúvidas, mas encontra como resposta, na religião cristã, que não pode, nem deve haver dúvidas quanto à fé.
A partir daí o filme se movimenta com os atos violentos dos judeus para com os cristãos e dos cristãos para com judeus e pagãos e entre os atos mais radicais mostrados estão a destruição da Biblioteca de Alexandria maior fonte de conhecimento da época, que continha manuscritos científicos escritos pelos diversos povos conquistados pelos romanos, e os assassinatos que vieram na sequência incluindo o da própria Hipátia, assassinada por um grupo cristão extremista que a despi e apedreja e que antes a acusou de ateísmo e bruxaria, crimes novos para a época, baseados em passagens da Bíblia como a carta do apóstolo Paulo aos Coríntios e Efésios e para manter longe da comunidade alexandrina sua idéias filosóficas como também para dominar o prefeito Orestes que ainda mantinha fortes ligações com Hipátia.
O filme retrata um período histórico conhecido por historiadores de todo o mundo, mas que não se propaga por questões religiosas evidentes e que requer o desprendimento de conceitos que são pilares da sociedade atual quando são retratadas em seu principio violento e autoritário e que ganha nova roupagem com o passar dos anos em que o Cristianismo se difunde. Mas mesmo com o Império Romano cristianizado em 391 d.C. as ciências sobreviveram pelo empenho de poucos homens e mulheres que, assim com Hipátia, foram “casados” com a verdade provável e questionável e que enfrentaram as dúvidas morais e religiosas de outros séculos, incluindo o atual.
